Potrebno je radove održavanja i dezinfekcije nakapnice (gustirne, čatrnje, cisterne) zatražiti od ovlaštene osobe.Paziti prilikom rukovanja s dezinfekcijskim sredstvom. Pridržavati se uputa proizvodača dezinfekcijskog sredstva, mjera opreza i zaštite zdravlja. U tu svrhu treba nositi gumene čizme i rukavice, zaštitne naočale te usta prekriti maskom. Paziti prilikom ulazaka u zatvorene prostorije nakapnice zbog prisutnosti štetnih plinova i velike visine.
Dezinfekciju – vode u nakapnici ne bi trebalo raditi često, dovoljno je dva puta godišnje.
Mnogo je važnije poduzeti sve mjere da se onemogući zagađenje vode u nakapnici, kao što su redovito čišćenje filtra i oluka.
Priprema filtra – Komoru filtra napunite s nekoliko slojeva, odozdo prema gore: krupnijim, zatim sitnijim šljunkom i pijeskom. Taj gornji sloj, gdje se zadržavaju krupnije nečistoće, zamijenite novim svake godine, a cijeli svake treće godine ili prema potrebi i češće.
Važno je redovito održavanje oluka kuće ili neke druge površine preko koje kišnica otječe u nakapnicu.
Nakapnicu je potrebno čistiti jednom godišnje ili barem jednom u tri godine. U tu svrhu nakapnicu treba isprazniti od vode i mulja te oprati dno i zidove .Ako u nakapnicu dopremate vodu iz vodoopskrbnog sustava, koja je već obrađena tj. klorirana, treba paziti s dezifenkcijom. Nije preporučljivo u nakapnicu dopremati vodu iz bušotine tj. vodu iz pozemlja.
